最初發展指標之前，係參考國內既有的三個指標系統－行動計畫績效指標、臺灣永續發展指標、林務局之生物多樣性監測指標，並建構在 BIP 指標發展架構之上，以愛知生物多樣性目標（Aichi Biodiversity Targets）及聯合國永續發展目標（Sustainable Development Goals, SDGs）作為指標發展基礎以及國外分屬全球、區域、國家層級的指標系統，再透過指標訂定與評估原則（能否回應議題、資料面、永續性、國際化）優先篩選出海域四議題（漁業資源、海洋保護區、海洋汙染、選定物種豐度變化趨勢）以及陸域三議題（陸域保護區、選定生物族群數量、外來入侵種）。