為保育與永續利用我國生物多樣性，行政院永續發展委員會（後續皆簡稱永續會）生物多樣性分組，於 2001 年推動《生物多樣性永續發展行動計畫》（後續皆簡稱行動計畫）。

行動計畫列出許多可量化與非量化之關鍵性績效指標（Key Performance Index, KPI），要求政府相關部會於每季及每半年執行成果填報，在生物多樣性相關議題上的資源投注量及施政成果，並以林務局為此計畫之統籌主辦機關，負責彙整各機關填報的執行成果

永續會自 2003 年推動涵蓋面向較行動計畫更廣的「臺灣永續發展指標系統」，其中與生物多樣性相關的指標共有 9 項。

在 2005 年擇取重要生物多樣性量化資料納入國家統計項目、2010 年林務局再次評估國內生物多樣性指標，以 13 項指標作為監測國內生物多樣性變化趨勢。而後於 2012 年依據愛知目標修正並檢討現有生物多樣性行動計畫，各項工作的績效指標（KPI） 增為 109 項，其中有 56 項屬於可量化之指標

為賡續推動臺灣於生物多樣性監測架構，並配合 SDGs 訂定量化目標，農委會乃於 2015 年核定之計畫中，補助特有生物研究保育中心（以下簡稱「特生中心」）及林務局自 2015 年起共同推動為期四年（2015-2018）之「臺灣受威脅物種與生態系的評估、監測及保育行動計畫」。　　　　　　

由特生中心負責「脊椎動物紅皮書、保育行動計畫與受威脅物種監測」、「生態系常見動物組成的族群分布與數量變化」、「陸域生態系監測與保護 / 留區評估-生態系運作的維持與代表性的計畫」等子項，林務局則負責「國家生物多樣性監測與報告系統規劃」、「紅皮書資訊網規劃與建置」、「臺灣受威脅鳥類族群長期監測系統建立與推動三項計畫」等子項。